1988年，学校更名为中国矿业大学，邓小平同志亲笔为学校题写校名。1997年，设立中国矿业大学北京校区。1998年，煤炭工业部撤销，学校划归国家煤炭工业局管理。2000年，学校整体划转教育部直属管理。2003年，中国矿业大学（北京校区）更名中国矿业大学（北京）独立办学，中国矿业大学和中国矿业大学（北京）成为两个相互独立的办学实体。2004年，成为全国正式拥有研究生院的56所高校之一。2006 年成为“985 优势学科创新平台项目”建设高校，2017年成为一流学科建设高校。
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